微波是一種電磁波，頻率為2450MHZ，以每秒24億5千萬次的振蕩，對極性分子或水分子摩擦振蕩，分子之間互相摩擦產生熱量，讓物料自身成為一個發熱體。微波對物料加熱時不需要熱傳導，直接對物體加熱；且微波穿透能力強，加熱快，可在數秒鐘將物料溫度快速提高。同時由于物料內外同時加熱，內外溫差小，加熱均勻，大大提高加熱質量。并且微波加熱不需要燃料，不需要鍋爐或其他熱源，無熱量輻射及損耗；不但優化了工作環境，也順應了社會的節能減排、環保，無污染要求。設備隨機隨開，操作簡單、連續化生產；提高產品質量、降低能耗，取得經濟效益。為此，微波相對傳統的干燥有以下優勢：
⑴微波對藥物加熱迅速而均勻、干燥速度快、時間短。由于是在濕物料內部加熱，熱傳遞方向與濕分傳遞方向一致，水分從物料中心向兩側擴散，路程比傳導加熱要少一倍，有利于提高物料干燥速率、縮短干燥時間。由于微波能直接為水分所吸收，物料內部和表面的水分能同時獲得微波而被加熱，所以加熱均勻、且干燥時間短，不影響被干燥物料的色香味及組織結構。
⑵選擇性加熱，干燥溫度低，產品清潔，干燥及滅菌效果好、質量高。在微波干燥中不同物質吸收微波的能力亦不相同，其中水分比其他一些固體物料具有更大的吸收能力，所以利用微波對含水物料的干燥特別有利，濕物料中水分獲得較多能量而迅速汽化，而固體物料因吸收微波能力小，溫度不會升的很高。而且在干燥的同時兼有滅菌殺蟲等效果，從而提高了產品質量。獲得的成品含水量均勻，清潔無菌，表面不結殼、皺皮或開裂等，干燥效果較理想。