焦亞硫酸鈉用于生產保險粉、磺胺二甲嘧啶、安乃近、己內酰胺等。以及純化氯仿、苯丙基砜和苯甲醛。照相工業被用作固色劑的成分。香料工業被用來生產香草醛。用作釀酒工業的防腐劑、橡膠凝固劑和棉布漂白后的脫氯劑。有機中間體、染料和鞣革被用作電鍍還原劑、油田廢水處理和礦山礦物加工劑。工業應用包括印染、有機合成、印刷、制革、制藥等部門。在食品加工中用作防腐劑、漂白劑和疏松劑。

焦亞硫酸鈉產有工業級和食品級之分，其質量指標有所不同。
工業級焦亞硫酸鈉用途廣泛。醫藥工業用于生產氯仿、苯丙砜和苯甲醛的凈化；橡膠工業用作凝固劑；印染工業用作棉布漂白后的脫氯劑、棉布煮煉助劑和印染的媒染劑；制革工業用于皮革處理，能使皮革柔軟、豐滿、堅韌，具有防水、抗折、耐磨等性能；化學工業用于生產羥基香草醛、鹽酸羥胺等；感光工業用作顯影劑等。
食品級焦亞硫酸鈉可作為餅干和蛋糕等食品的漂白劑和膨松劑、蔬菜脫水的養分保持劑、貯存水果的保鮮劑、釀造和飲料的殺菌防腐劑等。焦亞硫酸鈉暴露在潮濕空氣中緩慢氧化成硫酸鈉，同時伴有晶體的崩解。水溶液在空氣中，尤其在加熱條件下發生分解，熱壓滅菌時應充氮氣。葡萄糖能降低水溶液穩定性。在酸性溶液中穩定有效。焦亞硫酸鈉應存放在密閉容器中，避光、陰涼干燥處貯存。