督察認為，2013年以來，吉林省統籌推進東部綠色轉型發展區、中部創新轉型核心區、西部生態經濟區“三大板塊”建設。吉林省全面深化改革領導小組多次研究生態文明建設和環境保護工作，審議通過生態環境保護督察辦法等多項改革文件。啟動實施河長制，初步實現條條江河有人抓有人管。積極推進生態環境領域公益訴訟試點工作，2015年以來辦理訴前程序案件633件、起訴案件94件，加強重要自然生態系統的依法保護和管理。
加快推進吉林省西部河湖連通工程和退耕還濕、還草、還林工程，恢復和改善自然濕地12萬公頃，局部生態環境得到改善。積極推進國家公園試點，東北虎豹國家公園國有自然資源資產管理局和東北虎豹國家公園管理局正式掛牌成立。實施中部黑土地保護治理工程，通過“減化肥、減農藥、控水”防治面源污染，加強水土保持，控制黑土層流失。
開展“長吉平+1”共治大氣污染專項行動，建立區域聯防聯控、省市協調聯動機制。2016年，吉林省PM10、PM2.5平均濃度分別同比下降20.5%和21.8%，長吉平三市PM10平均濃度分別同比下降27.1%、29.6%、25.2%。實施清潔水體行動計劃，大力推進長春市伊通河“百里生態長廊”綜合治理工程，2015年以來新增污水處理能力59萬噸/日。
吉林省高度重視中央環境保護督察工作，嚴查嚴處督察組交辦的群眾舉報環境問題，并及時向社會公開。截至2017年10月31日，督察組交辦的8066件群眾舉報環境問題，已辦結7968件，其中責令整改3568家，立案處罰772家，罰款2248萬元；立案偵查81件，拘留50人；約談614人，問責1324人。
督察指出，吉林省環境保護工作雖然取得一定成效，但發展不足與保護不夠的問題并存，生態環境保護仍是實現吉林老工業基地振興發展的突出短板，環境保護工作與中央要求和群眾期盼仍有較大差距。存在的主要問題有：
一是貫徹落實國家環境保護決策部署不夠有力。全省有相當一批干部認為吉林生態環境本底較好、優勢明顯，對面臨的生態環境問題缺乏清醒認識，對群眾反映的突出環境問題重視不夠，在工作中講成績多、談問題少，環境保護憂患意識、責任意識不強。在推進環境保護方面講得多、做得少，發文件多、具體落實少，有的甚至說一套做一套。考核問責流于形式，2014年以來，省政府對大氣污染防治目標考核不合格、環境空氣質量明顯惡化的地市，未按規定實施處罰和責任追究，導致一些重要措施落實不力。地方立法存在“放水”問題，2012年3月頒布實施的《吉林省城鎮飲用水水源保護條例》，違反《中華人民共和國水污染防治法》規定，為在水源保護區內進行開礦、采砂等排放污染物的活動開口子，全省部分飲用水水源保護區違法開發建設問題突出。
長白山國際滑雪中心項目在實施過程中，違反國家要求擅自建設兩座高爾夫球場和93棟別墅，并長期違規運營。2011年國家對違法違規高爾夫球場項目進行清理整治以來，吉林省不僅未按要求對該高爾夫球場項目進行清理整治，反而多次向國家有關部門報告稱該項目已經停止建設并拆除了相關設施，明顯與事實不符。2017年6月中國高爾夫球巡回賽在該球場舉辦期間，吉林省仍向國家有關部門報告稱該高爾夫球場已停止建設并拆除相關設施，停止了各種形式的高爾夫球場宣傳和營銷。
一些部門環保履責不嚴不實。省工業和信息化廳在淘汰落后產能方面把關不嚴，吉林恒聯精密鑄造科技有限公司鑄造用生鐵僅占10%左右，不符合國家鑄造用生鐵企業標準，但省工業和信息化廳先后于2012年、2015年兩次將該企業上報為鑄造用生鐵企業，并通過國家有關部門的認定和復核，導致該企業兩座低于400立方米的煉鐵高爐和一條熱軋窄帶鋼生產線等落后產能未能按期淘汰。全省55個生活垃圾處理場中有30個未進行無害化等級評定，垃圾無害化處理率實際不到60%，遠低于國家80%的目標要求，但住房城鄉建設廳2015年卻統計上報為84.7%，以數字掩蓋問題。省國土資源廳2013年以來違法違規在13個自然保護區內延續和審批金礦、銅礦等探礦權22處，采礦權8處。此外，吉林省作為農業大省，秸稈禁燒工作不到位，2017年春秋季焚燒秸稈問題明顯反彈，嚴重影響大氣環境質量。
生態環境保護監管執法偏松偏軟。新修訂的《環境保護法》2015年1月實施以來至2016年底，省環境保護廳未辦理一起按日連續處罰、限產停產、查封扣押、移送行政拘留案件，僅對兩起環境違法案件作出一般性罰款處理，罰款總額13萬元。全省毀草毀濕毀林問題時有發生，為此，2013年以來畜牧部門共向公安機關移交各類破壞草原的涉刑事案件221起，截至督察時僅有93起辦結，力度明顯不夠。
二是水環境保護工作推進不力。2014年以來，吉林省遼河流域水污染持續加重，2014年至2016年，Ⅰ-Ⅲ類斷面比例由22%下降到11%，劣Ⅴ類斷面比例由11%上升到56%；2017年上半年，遼河流域9個國控斷面除遼河源斷面外，均為劣Ⅴ類，水質持續惡化。對此，吉林省有關部門和地區并未引起足夠重視，截至督察時，列入遼河流域水污染防治“十二五”規劃的67個治理項目僅完成28個，其中中央資金支持的22個項目僅完成9個。遼源市半截河污染治理項目長期沒有實施，中央財政補助的900萬元資金逾期被收回。四平、公主嶺市污水處理廠擴建工程長期未建，每天約7萬噸污水直排；204個規模化養殖場未建設糞污處理設施，每年有930多萬噸畜禽糞污未經處理，嚴重污染環境。
伊通河、飲馬河流經長春市后，水質由Ⅲ類下降為劣Ⅴ類，成為目前松花江流域污染最重的支流。長春市城鎮污水處理設施建設滯后，每天12.6萬噸生活污水直排伊通河；全市19個省級以上開發區仍有7個未配套建設集中式污水處理設施，每天約3萬噸污水排入伊通河、飲馬河。長春市建成區內有75處黑臭水體，截至督察時尚無一處完成整治。
生活垃圾污染問題突出，全省55座城市生活垃圾處理場有48座滲濾液處理設施不完善，共積存滲濾液118萬立方米，污染隱患突出。長春市城市生活垃圾處理中心2010年建成投運以來，每天大約產生垃圾滲濾液1000立方米，由于處理能力長期不足，積存總量已多達40萬立方米，異味彌漫，污染嚴重，群眾投訴不斷。白山市生活垃圾處理場建成后長期不能正常使用，市區每天產生的生活垃圾只能繼續運到南山垃圾填埋場進行簡易填埋，積存垃圾滲濾液已達15萬立方米，多次發生溢流情況，嚴重污染堿廠溝河。松原市2011年投資1.09億元建設的江南垃圾處理場從2013年停用至今，市政府只得在寧江區新城鄉民主村租用5萬平方米土地作為臨時垃圾填埋場，已實際填埋生活垃圾30多萬噸，占地8.5萬平方米，周邊環境污染嚴重。
三是自然保護區違法違規開發建設。全省“靠山吃山”的情況較為多見，2014年瑞豐礦業公司在琿春東北虎國家級自然保護區建成投運一座年產30萬噸煤礦，保護區管理局為其出具不在保護區的虛假證明，省環保、國土等部門相繼為其辦理手續。2013年以來，位于該保護區緩沖區的英華煤礦擅自將產能由9萬噸擴建到21萬噸。
雁鳴湖、向海、查干湖等自然保護區違法開墾問題突出，生態破壞明顯。敦化市國土資源局在雁鳴湖國家級自然保護區實施兩個土地整理項目，共在緩沖區、實驗區毀草開墾耕地229公頃；通榆縣國土資源局在向海國家級自然保護區實驗區實施土地整理項目，毀草開墾耕地219公頃；松原市國土資源局在查干湖國家級自然保護區實驗區實施土地整理項目，開墾耕地117公頃。
特別突出的是，莫莫格、大布蘇、查干湖、向海等國級自然保護區管理部門不僅未對保護區實施有效保護，反而在保護區內違法進行旅游開發，對生態系統造成威脅。查干湖旅游經濟開發區管委會2015年以建設馬營泡面源污染攔截整治工程名義，在查干湖國家級自然保護區實驗區內建成一條1400米長的公路和一座300米長的橋梁，將查干湖分隔為兩個湖泡，對保護區自然生態系統產生較大影響。莫莫格、大布蘇、向海等自然保護區內也已建成大量賓館、觀鳥園、觀景臺等旅游設施。
督察要求，吉林省要正確處理好生態環境保護與發展的關系，認真梳理地方法規規章，對與國家法律法規相抵觸的規定要及時修改或廢止。打好污染防治攻堅戰，加大大氣、水、土壤三個污染防治行動計劃的推進力度。全面整治自然保護區和飲用水水源保護區違法開發建設問題。強化環境保護黨政同責和一崗雙責，依法依規嚴肅責任追究，對督察中發現的問題，要責成有關部門進一步深入調查，厘清責任，并按有關規定嚴肅問責。
督察強調，吉林省委、省政府應根據《環境保護督察方案(試行)》和督察反饋意見要求，抓緊研究制定整改方案，在30個工作日內報送國務院。整改方案和整改落實情況要按照有關規定，及時向社會公開。
督察組還對發現的生態環境損害責任追究問題進行了梳理，已按有關規定移交吉林省委、省政府處理。
